海军某测量船船长郑冀当年是东江基地的测量船船长，在一次执行任务时出现了沉船事故，导致老战友鲁淮成(王庆祥饰)的妻子女工程师高明艳牺牲。农民梅得贵的妻子难产被送到城里的医院，孩子夭折。
　　面对生命垂危的妻子，梅得贵为安慰妻子抱走了鲁淮成托付郑妻许欣芳的女儿，但却并没有能够挽救妻子的生命，当他想送还孩子的时候，却找不到了许欣芳，又因内心害怕将孩子抱回了农村家中，取名梅杏儿(何苗饰)。
　　鲁淮成率舰返航，得知妻子牺牲女儿丢失的噩耗。不久郑冀被处理转业回乡。三年后，郑冀在寻找鲁淮成丢失的女儿途中收养了孤女郑秀竹，不久病故。十几年后，郑冀的儿子郑远海(贾一平饰)为了确父亲当年建设强大海军的愿望，大学毕业后入伍来到海军东江基地。一批地方院校毕业的大学生，怀着对海军的崇敬。　　
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　　作为全景式展现当代海军生活的大片《旗舰》，剧中不仅有碧海蓝天的美丽景色、也有浪漫迷人的爱情故事，而且所有军舰、潜艇的场景镜头均在海军舰艇部队实景拍摄，其中壮观震撼的海、陆、空立体军事场面全方位展示了海军陆战队、新型舰艇、导弹、鱼雷等武器装备，表现了“新军事变革”给海军带来的巨大变化，使该剧更具有浓郁的中国现代海军特色。蓝天、大海、军舰、年轻海军军官的英俊潇洒和海军生活的浪漫以及迷人的南海风光，使该剧成为军事题材电视剧中的一大亮点，为广大电视观众带来强烈的视觉震撼。
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