海軍某測量船船長鄭冀當年是東江基地的測量船船長，在一次執行任務時出現了沉船事故，導致老戰友魯淮成(王慶祥飾)的妻子女工程師高明艷犧牲。農民梅得貴的妻子難產被送到城裡的醫院，孩子夭折。
　　面對生命垂危的妻子，梅得貴為安慰妻子抱走了魯淮成托付鄭妻許欣芳的女兒，但卻並沒有能夠挽救妻子的生命，當他想送還孩子的時候，卻找不到了許欣芳，又因內心害怕將孩子抱回了農村家中，取名梅杏兒(何苗飾)。
　　魯淮成率艦返航，得知妻子犧牲女兒丟失的噩耗。不久鄭冀被處理轉業回鄉。三年后，鄭冀在尋找魯淮成丟失的女兒途中收養了孤女鄭秀竹，不久病故。十幾年后，鄭冀的兒子鄭遠海(賈一平飾)為了確父親當年建設強大海軍的願望，大學畢業后入伍來到海軍東江基地。一批地方院校畢業的大學生，懷著對海軍的崇敬。　　
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　　作為全景式展現當代海軍生活的大片《旗艦》，劇中不僅有碧海藍天的美麗景色、也有浪漫迷人的愛情故事，而且所有軍艦、潛艇的場景鏡頭均在海軍艦艇部隊實景拍攝，其中壯觀震撼的海、陸、空立體軍事場面全方位展示了海軍陸戰隊、新型艦艇、導彈、魚雷等武器裝備，表現了“新軍事變革”給海軍帶來的巨大變化，使該劇更具有濃郁的中國現代海軍特色。藍天、大海、軍艦、年輕海軍軍官的英俊瀟洒和海軍生活的浪漫以及迷人的南海風光，使該劇成為軍事題材電視劇中的一大亮點，為廣大電視觀眾帶來強烈的視覺震撼。
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